\Historia budynku szkolnego sięga 1898 roku. Był on przeznaczony na dom dla sierot po żołnierzach bohaterach. W 1933r po dojściu Hitlera do władzy, sieroty zostały umieszczone w domach zastępczych, a dom przekształcono w szkołę paramilitarną. W kolejnych latach w naszej szkole mieściła się szkoła policyjna dla młodzieży męskiej. Budynek przetrwał I i II wojnę światową w nienaruszonym stanie.

W dniu 1 września 1956r dzięki staraniom Pana mgr J. Tobolskiego pierwsi uczniowie rozpoczęli naukę w Zasadniczej Szkole Zawodowej.

W 1958r utworzono w budynku Szkołę Podstawową Specjalną, której kierownictwo przejęła Pani  H. Szwaj.

W 1979 roku decyzją Kuratorium Oświaty i Wychowania w Gdańsku nastąpiło połączenie Szkoły Podstawowej Specjalnej i Zasadniczej Szkoły Specjalnej w Zespół Szkół Specjalnych. Pierwszym dyrektorem zespołu został Pan mgr M. Szwoch.

Na mocy uchwały Rady Miasta w 2007r Zespołowi Szkół Specjalnych nr 1 nadano imię Stefana Batorego.
Z dniem 1 września 2007 roku, po raz pierwszy stworzono możliwość kształcenia w Uzupełniającym Liceum Ogólnokształcącym.